"אסוציאציות הן תמצית הכל", אומר דני סמיריצקי, המספר, באחד הפרקים הראשונים של הספר. ואכן, 'מהנדס הנפשות' הוא קליידוסקופ ענקי של אסוציאציות הנע בלי הרף ויוצר צירופים משתנים-תדיר המקרינים זה על זה. דני סמיריצקי נמלט מצ'כיה עם הפלישה הסובייטית ב-1968 ומלמד ספרות במכללת אידנווייל – "גן העדן" – שבטורונטו. גן-עדן כפשוטו, וגם גן-עדן בנימה אירונית, שהרי "החיים הטובים" לעולם אינם ממלאים את התקוות כפשוטן; אך גן-עדן גם במובן נוסף: יושבי המקום טרם נפגשו עם הרוע האמיתי – הרוע הנאצי והרוע הסטליניסטי. עודם תמימים, ועל כן לעולם לא ירדו לסוף דעתם של הבאים "משם". ואילו דני סמיריצקי ושאר הגולים הצ'כים שהתרכזו באותה עיר קנדית שבויים לנצח בעברם, ואינם מסוגלים לראות את ההווה שלהם אלא דרכו. אפילו את הספרות האמריקנית – פו, קונרד, טוויין, פיצג'ראלד ועוד – אין סמיריצקי מסוגל לפרש אלא על פי ניסיון-החיים האישי שלו. בסופו של דבר, אפשר שזהו עיקר המסר של הספר: עד כמה מסוגלים אנשים בכלל להבין זה את זה, שהרי כל אדם נושא עימו ניסיון-חיים שונה... העלילה נעה על פני מרחבי מקום וזמן מקיפים – למן מלחמת העולם השנייה ועד מחצית שנות השבעים, מאירופה הכבושה ועד קנדה בת ימינו, עם הצצות לאוסטרליה, לישראל ולפינות-עולם נוספות. הקליידוסקופ מעלה עשרות רבות של דמויות, שכל אחת מהן מעוצבת בבהירות חד-פעמית ובאותו הומור-מנוצחים צ'כי נוקב, המשלב הגזמה עד אבסורד באירוניה דקה – לרבות אירוניה עצמית. בקווים הכלליים של תולדותיו, דני סמיריצקי הוא בן-דמותו של המחבר יוזף שקבורצקי. גם זה האחרון נמלט ב-1968 מפני הטנקים הרוסים הפולשים וגם הוא לימד ספרות אנגלית במכללה קנדית. שקבורצקי (2012-1924) נחשב לסופר הצ'כי הבולט ביותר בצד מילן קונדרה.